Sus orígenes se remontan al siglo V adC cuando ya existía una población celtibérica, denominada Bursau, situada cerca de los actuales restos del castillo. Tras la conquista romana (siglo I adC) se inician los asentamientos en las laderas del cerro, aunque su mayor auge se produjo en el siglo VIII, con la llegada de los musulmanes. En el siglo XII es reconquistada por los cristianos, y en los siglos XV y XVI se convirtió en una fortaleza militar frente a las invasiones castellanas, llegando a recibir del rey Alfonso V de Aragón el título de Ciudad en 1438. Durante el reinado de los Reyes Católicos son expulsados los judíos, que formaban una comunidad importante en Borja. Estos dos siglos representaron un periodo de prosperidad para la población, siendo la época en la que se construyeron la mayor parte de los monumentos y casas palaciegas que existen en la actualidad. Los siglos XVII y XVIII fueron periodos de recesión, enfermedades y sequía. En el siglo XIX se inicia la recuperación económica y se construye la línea ferroviaria Borja-Cortes de Navarra, que ayudó a la prosperidad de la ciudad. Ayuntamiento de BorjaDurante el siglo XX, la actividad agraria sobre la que estaba basada la economía de Borja fue perdiendo peso específico y no se llega a producir el auge industrial que benefició a otras ciudades, por lo que Borja fue perdiendo paulatinamente importancia económica y política, de tal modo que una parte importante de su población tuvo que emigrar en busca de nuevas oportunidades en las zonas industriales. En los últimos años del siglo XX, Borja ha consolidado su economía tradicional, mediante la tecnificación de su agricultura y la calificación con Denominación de Origen de sus magníficos vinos. También se está consolidando y modernizando un sector servicios en constante auge. La actividad industrial, aunque de forma incipiente, se empieza a implantar en el Polígono Industrial "Barbalanca", favoreciendo el cambio de tendencia a la despoblación, ya que permite a los jóvenes tener un futuro asegurado en su localidad de origen.

El Museo ha instalado su sala de exposiciones en la Iglesia de San Miguel. Se trata de un sobrio edificio de origen románico que fue una de las vicarías dependientes de la Colegiata de Santa María. Compartía con el Convento de Santa Clara el zaguán de entrada, aunque se trata de dos edificios completamente distintos. La antigua Iglesia, de única nave, posee capillas laterales. En 1602 se abre la magnífica celosía mudéjar . Su ábside románico está decorado en el exterior con modrillones labrados en piedra. La antigua iglesia cubre su bóveda con arcos diafragma y techumbre gótico-mudéjar, rehecha conforme a los restos hallados durante la restauración del edificio. También pueden admirarse fragmentos de frescos y decoraciones de finales del s. XV, principios del XVI, tanto en su ábside como en una de sus capillas laterales. En esta sede se puede seguir la Historia más remota de Borja y del valle del Huecha a través de los objetos que han ido llegando hasta nosotros, ordenados desde un punto de vista cronológico. Un total de trece vitrinas, más un nutrido lote de piezas exentas, nos llevan de la mano desde hace más de 125.000 años hasta el siglo XVI. Desde hachas de de pedernal tallado a armas medievales, pasando por monedas celtibéricas o sarcófagos hispanovisigodos, son objetos que nos hablan y nos ofrecen testimonios directos de la forma de vivir de aquellos que nos precedieron en estas tierras. De hecho, la exposición no se limita a piezas procedentes de Borja, si no que se amplia a todo el valle del Huecha como unidad geográfica, lo que permite una mejor comprensión de los cambios culturales acaecidos a la largo de miles de años de historia.

Este edificio, corresponde a principios del siglo XV, y se halla situado en una de las más típicas calles de la Ciudad, la única que ha conservado el tradicional empedrado con el cual se cubrían la práctica totalidad de las vías públicas. Se trata de una sencilla edificación, de fachada enfoscada con yeso, donde destacan los arcos apuntados de las ventanas principales, recuperadas conforme a los restos de las originales. El interior se suele utilizar para exposiciones temporales, fundamentalmente de pintura de diversos estilos

Edificación interesante que obedece a la tipología de las denominadas Casas Solariegas Aragonesas, que se extienden a lo largo del Valle del Ebro. Entre 1556 a 1560, sobre otro edificio anterior, se construye el actual de ladrillo, resaltando en su exterior, la galería de dobles arcos que aparecen en la planta superior o buhardillla. El alero original desgraciadamente no se conservaba, siendo sustituido por el actual en la restauración integral del edificio culminada en 2003. En cuanto al interior, destaca ante todo, desde el punto de vista arquitectónico, el patio de columnas anilladas, labradas en piedra en 1560, que sustentan la parte central del edificio, en cuyo corredor de la primera planta ha podido recuperar la galería de arcos conopiales, originales del edificio. En su destino primigenio era sede del Hospital del Espíritu Santo, trasladado en 1868 a su emplazamiento actual –antiguo convento de Capuchinos- donde permanece actualmente. Después de la feliz recuperación de este emblemático edificio, ha sido destinado para Museo de la Colegiata, exhibiendo un importante conjunto de obras de arte, provenientes en su mayoría de la Iglesia de Santa María la Mayor. Destaca la extraordinaria colección de tablas góticas, que formaron el gran retablo gótico de la Colegial. Capituladas en 1460, obra de los hermanos Nicolás y Martín de Zahortiga, judíos conversos, residentes en Zaragoza. Son de estilo gótico naturalista, óleo sobre tabla y se conservan un total de 15 que nos plasman diferentes escenas en torno a la Vida de la Virgen. Igualmente puede visitarse, una sala dedicada a la Música, otra a Cristo y María, los Santos, Santas Nobles Mártires, y Ordenes Religiosas, exhibiéndose un muy interesante conjunto de obras de arte de todo tipo: instrumentos antiguos, terracotas, tallas de madera doradas y policromadas, orfebrería, lienzos, ornamentos sagrados, documentos y libros antiguos pertenecientes al Archivo Histórico de la Colegiata. Desde la terraza puede contemplarse una visión curiosa de las torres de Santa María

La colección está integrada por un total de diecinueve retratos de dimensiones y características similares, aunque en su realización intervinieron diversos autores, a los que hay que unir el del monarca reinante, de tamaño mucho mayor, y el lienzo del Cristo crucificado "Rey de Reyes" que durante siglos presidió el salón. Según Rafael García fue en 1658 cuando se pintaron "los doce primeros cuadros de la sala consistorial por un fraile dominico de los que se hallaban en esta ciudad para fundar el convento de San Pedro Mártir". Estos doce lienzos se conservan en la actualidad y son los correspondientes a Alfonso I, Pedro III, Alfonso III, Jaime II, Pedro III, Martín I, Alfonso V, Juan II, Fernando II, Carlos I, Felipe I (II de Castilla) y Felipe III (IV de Castilla). Como puede observarse la serie no está integrada por todos los monarcas aragoneses sino únicamente por aquellos que "concedieron privilegios a la ciudad", que era el próposito que inspiró al Concejo de Borja cuando los encargó. Por eso al pie de cada retrato se hizo constar, tras el nombre y el sobrenombre de cada monarca, la expresión de los privilegios otorgados y la fecha de su concesión. Todos los cuadros son de factura similar, ofreciendo los ocho primeros una visión idealizada de los monarcas representados, tanto en su fisionomía como en su vestuario. A partir de Feranando II intentan aproximarse a la iconografía tradicional, aunque únicamente en el caso de Felipe IV se ofrece un retrato más ajustado a la realidad. De un mismo autor, cuyo nombre ignoramos, parecen ser los retratos de Carlos II y de Felipe V, tanto por su factura casi idéntica como por el detalle de que las armas de Aragón representadas en los mismos son de tamaño inferior a las existentes en los lienzos anteriores, siendo además incorrecta la disposición de las barras de gules. Llama también la atención el hecho de que en el retrato de Felipe V, aún cuando aparecen únicamente las barras aragonesas, no se hace constar el ordinal, que en este reino le correspondería Felipe IV, como se había hecho en casos anteriores. Pero aún más llamativo es el vestuario elegido para representar al primer monarca de la Casa de Borbón, idéntico al de Carlos II: un austero traje negro con capa corta del mismo color, gola blanca, espada ceñida y cadena con el Toisón de oro al cuello. Todo dentro de la mejor tradición española del siglo XVII, de la que Felipe V, por su origen y formación, se encontraba muy alejado. El rey que peina una larga cabellera rubia, parece muuy joven, por lo que es probable que fuera encargado en los primeros momentos del reinado, siendo preciso ampliar posteriormente la cartela inferior para dar cabida a la larga relación de privilegios concedidos (siete líneas).

Situado en la comarca del Campo de Borja, al oeste de la provincia de Zaragoza y a unos 62 km de su capital, cubre una superficie de 106,7 km². En su casco urbano destacan entre otros, el edificio de su Ayuntamiento, la Colegiata de Santa María, la iglesia de San Miguel o el convento de la Concepción.

Iniciativa Cultural que tuvo su primera edición en 1996, con gran participación a nivel nacional. Paralelamente a la exposición de las obras seleccionadas y premiadas, el Taller de grabado "Valeriano Bécquer" de Borja, realiza exhibiciones prácticas de los procedimientos de grabado y estampación.